中華鳳頭燕鷗第一次被人類記錄已經是160多年前的事。1861年，一個叫伯恩斯坦的德國人在印度尼西亞一個小島上，首次採集到中華鳳頭燕鷗標本。經鳥類學家鑒定，這是一個新發現的物種。一開始牠的形態學命名是黑嘴端鳳頭燕鷗，之後人們又在馬來西亞、菲律賓、泰國等地零星採集到標本。後來更多的記錄是在中國沿海，改名叫中華鳳頭燕鷗。