伊朗6月13日晚上發動大規模反攻，報復以色列的攻擊。伊朗聲稱，發射了數百枚導彈攻擊特拉維夫、耶路撒冷等大城市，以色列幾乎全境都響起防空警報，空襲造成最少一死，50人受傷。以軍也繼續攻擊伊朗首都德黑蘭及福爾多核設施等多地，造成至少110多人死亡。此外伊朗聲稱擊落最少兩架以軍戰機，但以色列否認。伊朗又同時宣佈，不會參加15日舉行的美伊核談判。